A borjúhasmenés kialakulásában elkülönítünk kiváltó és hajlamosító tényezőket. A kiváltó tényezők le­hetnek fertőző és nem fertőző eredetűek. A fertőzés okai lehetnek vírusok, baktériumok és egysejtű paraziták, míg a nem fertőzők lehetnek a környezet és a takarmányozás. Hajlamosító tényezők lehetnek a környezeti viszonyok és az immunitás elégtelenségei. 

Vírusok
Rotavírus: a megfertőződés szájon át történik, rövid lappangás után jelentkezik a fehér-sárgás, folyamatosan híguló bélsár, amely dehidratációhoz és elgyengüléshez vezet.
Koronavírus: a megfertőződés szájon át, bélsárral történik a születést követő pár hétben. A magas láz mellett a vékonybél nyálkahártyája eróziójának következtében víz­­szerű, nyálkás hasmenés, levertség, dehidratáció, bágyadtság figyelhető meg.
BVD: a megfertőződés szájon át, bélsárral, tejjel, nyállal, váladékokkal és magzati úton is terjed. Több állo­mányban is vakcináznak ellene. Az emésztőrendszer nyálka­hártyájában szaporodik, pár napos lappangás után láz, véres-nyálkás, sötét színű hasmenés, megnövekedett nyál- és könnyelválasztás, nyelven, ínyen és szájpadláson megfigyelhető fekélyek jellemzik.

Baktériumok
Escherichia coli: az emésztőrendszerben állandóan jelen van, valamely technológiai hiba következtében a túlzottan elszaporodott E. coli baktériumok által termelt toxinok okoznak súlyos hasmenést. Egyik fő hajlamosító tényező az ellés előtti és utáni higiéniai hiányosságok. Közvetlen születés után jelentkezik, bűzös, sárga és híg bélsár, bágyadtság és étvágytalanság a fő tünetek.
Clostridium perfringens: a megfertőződés szájon át, a környezetből történik, általában a talajban élő bak­­tériumok, esőzések és nedves alom hozzájárul a felszínre kerülésükhöz, a gépekkel betakarított, földdel szennyezett takarmányokkal is bekerülhet a borjak emész­tőrendszerébe. Gázképző, anaerob és toxintermelő baktérium, súlyos hasmenés, felfúvódás, hasi fájdalmak, vérmérgezés, bágyadtság és gyors elhullás a tünetei.
Salmonella spp.:  jellemző a két-három hetes korban összevásárolt, zsúfolt körülmények között tartott fia­tal állatokra. Lázzal, bágyadtsággal, híg, nyálkás-véres hasmenéssel jár. Korlátozódhat egyéb szervi meg­be­te­gedésekre, akár még a hasmenéses tünetek megjelenése előtti elhullással is járhat.  

Cryptosporidium parvum: a megfertőződés szájon át történik, a hordozó állatok bélsárával vagy a környezetből. Roncsolva a bél nyálkahártyáját, elősegíti más kórokozók emésztőszervi „felszívódását”. Tünetek: vízszerű has­menés, dehidratáció, elgyengülés, lesoványodás.
Eimeria spp.: a megfertőződés szájon át történik, a hordozó állatok bélsarával vagy a környezetből. Magas láz, görcsölés, vízszerű-véres hasmenés, dehidratáció, el­gyengülés a jellemző tünetek.
Miközben a lista folytatható lenne más kórokozókkal is, a fent leírt fertőző betegségek ritkán okoznak önmagukban betegséget. Legtöbb esetben higiéniai, takarmányozási és technológiai hiányosságok a kiváltó okok, egy vagy több fertőző betegséggel, illetve mindezek különböző kombinációja.
Mivel a hasmenés a borjak életének kezdetén jelenik meg, így a tej vagy tejpótlók beltartalma/minősége (nö­vényi összetevők aránya, változó össztej), mennyisége és hőmérséklete fokozott figyelmet igényel. A kolosztrum minősége (immunoglobulin-tartalma) alacsonyabb elő­hasú és idős állatoknál, ezt javítani lehet vakcinázással, takarmányozással. A kolosztrum felvételének gyorsasága kulcsfontosságú. A borjú egészsége szempontjából lét­fontosságú, hogy időben (lehetőleg a születés után 2–6 órán belül) megfelelő mennyiségben és minőségben felvegyen kolosztrumot.
Az „itatós” borjaknál a bekeverési hőmérséklet 45 °C-on javasolt, főleg télen, hogy az itatási hőmérséklet ne csökkenjen 38 °C alá. A cumis itatás javasolt a vödrös itatással szemben. 
Minden esetben elengedhetetlen a fokozott etetési és a tartási higiénia. Az adott gazdaságban a borjakat megbetegítő kórokozók ismerete kulcsfontosságú a meg­felelő kezelési és megelőzési stratégiák kiválasztásához, ennek része a különböző laboratóriumi diagnosztikai eszközök, illetve tesztek alkalmazása.
A gyógykezelés két részből, a kiváltó okok és tünetek kezeléséből áll.
A vírusos megbetegedések ellen vakcinával, jobb hi­giéniával és a tehenek jobb takarmányozásával lehet védekezni (megelőzni). A bakteriális megbetegedések ellen vakcinával, jobb higiéniával, a tehenek jobb takarmányozásával és antibiotikumokkal lehet védekezni (megelőzni). Az egysejtű paraziták ellen speciális állatorvosi készítmények a javallottak (pl: halocur, paromomicin, toltrazuril).
A kezelés mindhárom esetben magában foglalja a kórokozó eltávolítását (fertőtlenítés), valamint a tü­ne­tek, beteg állatok folyadék-, sav-, bázis- és elektrolit-egyensúlyának helyreállítását (dehidratáció ellensúlyozása) és fenntartását szájon át és parenterálisan adott folya­dékterápiával. A hasmenés alatt a tej megvonásáról megoszlanak a vélemények.